L'article 6§1 de la convention européenne de droits de l'homme impose le respect du procès équitable y compris lors des opérations d'expertise judicaire.
L'expertise judiciaire est soumise au principe de la contradiction aussi bien pendant son déroulement qu'au stade de la discussion de ses résultats, tandis que l'expertise officieuse, unilatérale ou amiable, n'y est soumise qu'à l'occasion de son invocation dans l'instance (2e Civ., 24 juin 2004).
La Cour européenne des droits de l'homme a eu l'occasion d'énoncer que l'exigence du respect du principe de la contradiction, posée par l'article 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales s'étend aux expertises accompagnant la procédure juridictionnelle :
"La Cour rappelle que l'un des éléments d'une procédure équitable au sens de l'article 6 paragraphe 1 (article 6-1) est le caractère contradictoire de celle-ci : chaque partie doit en principe avoir la faculté non seulement de faire connaître les éléments qui sont nécessaires au succès de ses prétentions, mais aussi de prendre connaissance et de discuter toute pièce ou observation présentée au juge en vue d'influencer sa décision. A ce titre, elle précise d'emblée que le respect du contradictoire, comme celui des autres garanties de procédure consacrées par l'article 6 paragraphe 1 (article 6-1), vise l'instance devant un "tribunal" ; il ne peut donc être déduit de cette disposition (article 6-1) un principe général et abstrait selon lequel, lorsqu'un expert a été désigné par un tribunal, les parties doivent avoir dans tous les cas la faculté d'assister aux entretiens conduits par le premier ou de recevoir communication des pièces qu'il a prises en compte. L'essentiel est que les parties puissent participer de manière adéquate à la procédure devant le "tribunal". Par ailleurs, la Convention ne réglemente pas le régime des preuves en tant que tel. La Cour ne saurait donc exclure par principe et in abstracto l'admissibilité d'une preuve recueillie sans respecter les prescriptions du droit national. Il revient aux juridictions internes d'apprécier les éléments obtenus par elles et la pertinence de ceux dont une partie souhaite la production. La Cour a néanmoins pour tâche de rechercher si la procédure considérée dans son ensemble, y compris la manière dont la preuve a été administrée, a revêtu le caractère équitable voulu par l'article 6 paragraphe 1 (article 6-1). En l'espèce, ... bien que le tribunal administratif ne fût pas juridiquement lié par les conclusions de l'expertise litigieuse, celles-ci étaient susceptibles d'influencer de manière prépondérante son appréciation des faits. Dans de telles circonstances, et eu égard aussi au fait que les juridictions administratives rejetèrent leur demande de nouvelle expertise, les époux X... n'auraient pu faire entendre leur voix de manière effective qu'avant le dépôt du rapport de l'expertise en cause. Aucune difficulté technique ne faisait obstacle à ce qu'ils fussent associés au processus d'élaboration de celui-ci, ladite expertise consistant en l'audition de témoins et l'examen de pièces. Ils furent pourtant empêchés de participer à ladite audition alors que les cinq personnes interrogées par l'expert étaient employées par le CHRN et que parmi elles figuraient le chirurgien qui avait opéré Mlle X... en dernier lieu, et l'anesthésiste. En conséquence, les requérants n'eurent pas la possibilité de contre-interroger ces cinq personnes dont on pouvait légitimement s'attendre à ce qu'elles déposent dans le sens du CHRN, partie adverse à l'instance. Quant aux pièces prises en considération par l'expert, les intéressés n'en eurent connaissance qu'une fois le rapport achevé et communiqué. Ainsi, les époux X... n'eurent pas la possibilité de commenter efficacement l'élément de preuve essentiel. La procédure n'a donc pas revêtu le caractère équitable exigé par l'article 6 paragraphe 1 de la Convention. Partant, il y a eu violation de cette disposition" (CEDH, 18 mars 1997, X... c/ France. Requête n° 21497/93).
Le principe du contradictoire impose donc à l'expert de mettre les parties en mesure de prendre connaissance des pièces sur lesquelles il fonde son avis avant le dépôt de son rapport.
La Cour de cassation, comme la CEDH, applique rigoureusement ce principe: par exemple les arrêts du 18 janvier 2001 (bull II n°11) et 8 juin 2004.
Au visa des articles 16 et 160 du Code de Procédure Civile, la Cour de cassation a jugé le 5 décembre 2002:
Attendu que pour débouter la société ECOPSI de sa demande, l'arrêt retient, d'une part, que l'expert a relaté de façon exhaustive les informations qu'il a recueillies auprès des sachants, d'autre part, que les réponses et documents qui lui ont été fournis sont annexés au rapport, de sorte que les parties ont été en mesure de les discuter ;
Qu'en statuant ainsi, alors que l'expert n'avait pas soumis la teneur de ces auditions et documents aux parties afin de leur permettre d'être à même d'en débattre contradictoirement avant le dépôt de son rapport, la cour d'appel a violé les textes susvisés
Voir également l'arrêt du 20 octobre 1993, rendu au visa de l'article 16 du Code de Procédure Civile:
"Il ne résulte ni de l'arrêt ni des productions que l'avis du spécialiste consulté par l'expert ait été porté avant le dépôt du rapport d'expertise à la connaissance de la partie afin de lui permettre d'en discuter devant l'expert, la Cour d'appel, en rejetant l'exception de nullité du rapport d'expertise tenant à son caractère non contradictoire, n'a pas donné de base légale à sa décision au regard des dispositions de l'art. 16 nouv. C. pr. civ."
Plus récemment, le 15 avril 2010, la Cour de cassation a réaffirmé ce principe absolu:
Mais attendu qu'ayant relevé qu'aucune des parties n'avait eu connaissance de l'analyse faite par le technicien consulté par l'expert et sur laquelle ce dernier s'était fondé dans son rapport final, la cour d'appel en a exactement déduit que le rapport d'expertise, qui avait méconnu le principe de la contradiction, devait être annulé à l'égard de toutes les parties, peu important que M. Y... n'ait pas lui-même soulevé la nullité de ce rapport
Il est donc interdit à l'expert, sous peine de nullité, de motiver ses conclusions sur des pièces non communiquées aux parties.

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La jurisprudence confirme
Cet exposé (extrait de mes conclusions) a convaincu le Tribunal de Commerce de ST BRIEUC, qui a annulé une expertise judiciaire sur le fondement de l'article 16 du CPC...