Le juge administratif utilise plusieurs standards pour apprécier la suffisance d'étude d'impact en droit des installations classées. L'importance de l'installation de l'installation et la vocation informative de l'étude sont les deux premiers critères d'appréciation : ainsi le juge ne sera pas aussi exigeant avec une petite unité industrielle qu'avec une installation de grande envergure. De la même façon la finalité de l'information de l'administration et du public permet d'apprécier l'importance des omissions des études. Mais il est des hypothèses où le juge prend une posture de principe et finalement pédagogique pour les industrielles : certaines omissions quelque soient leurs effets ne sont pas tolérées et sont finalement tenues par nature pour substantielles. Pour sévère qu'elle soit une telle jurisprudence n'en est pas moins pédagogique : elle tend à standardiser le niveau d'exigence des études impacts dans certains secteur pour l'élever. Ainsi, la Cour de Douai qui adresse une véritable mise en garde aux éleveurs en jugeant que : « Les opérations d'épandage constituant un élément essentiel du projet au regard de ses incidences prévisibles sur l'environnement, les omissions ou insuffisances de l'étude d'impact sur ce point revêtent un caractère substantiel alors même qu'il ne s'agit que de l'extension d'une installation préexistante et que les terrains sur lesquels cette dernière se trouve située et ceux sur lesquels les opérations d'épandage sont prévus n'ont fait l'objet d'aucune mesure administrative de protection particulière ; que la résiliation, postérieurement à l'enquête publique, à la demande du préfet, d'une étude agropédologique et d'une étude hydrogéologique comblant les lacunes de l'étude d'impact n'est pas de nature à régulariser la procédure suivie » (CAA Douai, 25 avr. 2002, n° 00DA00466, SCEA de Tessy c/ Cne d'Ambrumesnil .

Et dans deux autres espèces, la Cour administrative d'appel de Nantes sanctionne sans détour les autorisations d'éleveurs de porcs, en posant en principe le caractère substantiel de toute carence de l'étude d'impact des élevages de porc quant à la pression azotique engendré par l'épandage du lisier :

« Considérant que, s'agissant de l'extension d'un élevage porcin, l'étude d'impact a, notamment, pour objet de permettre à l'autorité compétente pour délivrer l'autorisation, ainsi qu'à toute personne demandant à la consulter, d'apprécier les effets de l'exploitation sur l'environnement, particulièrement en matière de rejet d'azote dans le milieu naturel, et les mesures envisagées par le pétitionnaire pour supprimer ou atténuer les nuisances que le fonctionnement de cette exploitation peut entraîner ; qu'à ce titre, les opérations d'épandage constituent un élément essentiel de l'exploitation au regard de ses incidences prévisibles sur l'environnement et les omissions et insuffisances de l'étude d'impact sur ce point, revêtent un caractère substantiel » (CAA Nantes, 27 déc. 2002, n° 01NT01229, GAEC des Peupliers. - Cf. également CAA Nantes, 3 déc. 2002, n° 98NT00894, GAEC du Bas Frémur. - CAA Bordeaux, 18 déc. 2003, n° 99BX02311 et 00BX02209, Sté coopérative Porcy du sud. - CAA Bordeaux, 6 nov. 2003, n° 99BW02112, M. André Viguier. - CAA Bordeaux, 20 nov. 2003, n° 99BX01690, Assoc. sources et rivières du Limousin).

Or selon celle logique, on a vu la Cour administrative d'appel de Marseille considérer "qu'au regard des incidences prévisibles sur l'environnement des opérations d'épandage qui constituent un élément essentiel de l'exploitation d'une porcherie, les omissions et les insuffisances de l'étude d'impact sur ce point revêtent un caractère substantiel " (par ex. pour une annulation d'un arrêté d'autorisation d'une porcherie : Cour Administrative d'Appel de Marseille, n° 05MA01300,8 janvier 2008, GAEC DES VILLETTES).

L'espèce récente de la CAA de Lyon (4 juin 2010, n° 08LY02697, L'EARL LAMARRE ; ci-dessous téléchargeable) maintient et décline cette solution qui s'impose pour préserver la ressource en eau face à des éleveurs qui ont bien souvent en la matière des oeillères ...